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（1）引物及濃度：①長度：15～30bp。②堿基：G+C含量以40%～60%為宜，ATGC最好隨機分布，避免5個以上的堿基成串排列。③避免引物內部出現二級結構、兩條引物間互補，特別是3′端的互補。④引物3′端的堿基，特別是最末及倒數第二個堿基，應嚴格要求配對。⑤與其它序列無明顯同源性。⑥濃度為0.1～1μmol或10～100pmol。
（2）酶及其濃度：催化一典型的PCR反應約需酶量2.5U（指總反應體積為100μl時），濃度過高可引起非特異性擴增，濃度過低則合成產物量減少。
（3）dNTP的質量與濃度：dNTP應為50～200μmol/L，4種dNTP的濃度要相等（等摩爾配制），過高dNTP能與Mg2+結合，使游離的Mg2+濃度降低。
（4）模板：模板的量與純化程度，是PCR成敗與否的關鍵環節之一，避免DNA純化中的SDS和蛋白酶K等雜質。
（5）Mg2+濃度：一般的PCR反應中，各種dNTP濃度為200μmol/L時，Mg2+濃度為1.5～2.0mmol/L為宜。Mg2+濃度過高，反應特異性降低，出現非特異擴增，濃度過低會降低Taq DNA聚合酶的活性，使反應產物減少。
（6）溫度與時間：①變性：93℃～94lmin℃，過高或過低的溫度影響酶的活性。②退火：取決于引物的長度、堿基組成及其濃度，還有靶基序列的長度。一般高于Tm值5℃～10℃，時間為30～60s。③延伸：常用溫度為72℃，時間根據待擴增片段的長度而定。
（7）循環次數：主要取決于模板DNA的濃度。一般的循環次數選在30～40次，循環次數越多，非特異性產物的量亦隨之增多。